protocolo de amostragem

Amostragem do solo para análise molecular de sequências de ADN de FMA e FME modificada do protocolo Silva Nova/SoilBon.

no terreno: equipamento necessário
  1. Dispositivo GPS
  2. Bloco de notas com canetas
  3. Fita de transecto
  4. Sacos de plástico Mini-grip ou ZipLock (tamanho grande e pequeno; galão e litro)
  5. Corta-solo de metal ou PVC com 5 cm de diâmetro x 10 cm de comprimento (ou similar)
  6. Martelo de borracha ou martelo
  7. Luvas de plástico ou de nylon
  8. Marcador permanente
  9. Tubos ou sacos de plástico (50 ml)
  10. Gel de sílica
  11. Câmara
procedimento
  1. Navegue até ao local de amostragem e coloque dois transectos em ângulos rectos para delinear uma área de 900m2 (30m x 30m) para amostragem. Serão recolhidas 9 subamostras (5 cm de diâmetro a 10 cm de profundidade). Consulte a figura para ver o esquema geral de amostragem. No total, terá de combinar 9 amostras da mesma parcela no saco de plástico. A grelha pode ser redimensionada para estudos de amostragem de locais mais pequenos que não cabem numa grelha de 30m x 30m, embora o tamanho preferido seja 30m x 30m.
  2. Preencha a folha de metadados.
    A. Anote o país de amostragem, o nome do líder da expedição e os colaboradores.
    B. Classifique o uso do solo do local (por exemplo, pequena propriedade agrícola, não agrícola, urbana, queimada).
    C. Registar as coordenadas GPS (WGS1984) utilizando um dispositivo GPS e, idealmente, em formato decimal (por exemplo, -39.5818, -71.51917).
    D. Estimar aproximadamente o número de espécies de plantas presentes e a percentagem de cobertura de árvores em relação a ervas/plantas mais pequenas. É importante documentar as plantas micorrízicas ectomicorrízicas e ericoides (Ericaceae). Se os nomes das plantas forem conhecidos, escreva-os.
    E: Notas finais: registe tudo o que for importante e que não conste da lista anterior.
  3. Calçar luvas. Retirar a camada de folhada (material solto) do ponto central.
  4. No primeiro ponto central, registe a elevação e as coordenadas GPS utilizando um dispositivo GPS.
  5. Recolha a primeira amostra deste ponto central (5 cm de diâmetro a 10 cm de profundidade) utilizando o corer de solo e coloque o solo no saco de plástico grande. Remova raízes e pedras grandes à mão (ou usando uma peneira, se preferir). Escreva o nome do local de amostragem, as coordenadas GPS, a data e o coletor em marcador em cada saco. Tire uma fotografia de cada saco.
  6. Em cada direção cardinal a partir do ponto central, medir 15 m e recolher amostras adicionais 4 após a remoção da folhada solta. Em seguida, completar um quadrado completo para recolher as restantes 4 amostras (ver figura). No total, devem ser recolhidas 9 subamostras.
  7. Esfregar a parte exterior do saco com as mãos, misturar as amostras de forma completa mas suave para que o solo se torne uma mistura homogénea. A mistura deve ser feita durante pelo menos 2 minutos para garantir uma homogeneização suficiente.
  8. Processar amostras de solo dependendo das condições do campo (húmido vs seco):

    Para solos secos
    : Retirar uma subamostra de 10-20 gramas para o saco (ou tubo) mais pequeno e adicionar um saquinho de chá limpo com 10-20 gr de sílica gel ao saco/tubo de solo. Se preferir, manter as amostras refrigeradas com gelo ou bolsas de frio numa geleira de campo. Se estiver numa viagem de recolha que dure vários dias e não tiver acesso a refrigeração, pode secar as amostras ao ar ou continuar a substituir o gel de sílica quando necessário. Não congelar as amostras no campo, pois queremos evitar o impacto do congelamento e descongelamento várias vezes durante o transporte.

    ‍Parasolos húmidos: Retirar uma subamostra de 10-20 gramas para o saco mais pequeno (ou tubo), manter em gelo ou bolsas de frio no campo. Refrigerar no final do dia (se possível) até chegar ao local de armazenamento final. Não congelar as amostras no campo, uma vez que se pretende evitar o impacto da congelação e descongelação múltiplas vezes. Se a refrigeração não for possível, utilizar o mesmo protocolo sugerido para o solo seco.
  9. Navegue até ao local de amostragem seguinte e repita os passos 1-2. No novo local, confirme que se encontra a pelo menos 1,2 km (distância sugerida) do local de amostragem anterior, utilizando o seu dispositivo GPS.
  10. Efetuar uma "lavagem do solo" no núcleo do solo para remover o solo do local anterior. Para tal, deve recolher um núcleo de solo dentro da área de amostragem e deitá-lo ao chão.
  11. Repetir a operação até que todos os sítios tenham sido recolhidos.
  12. Logo que possível, as amostras devem ser transferidas para -20 ºC ou -80 ºC para armazenamento até que o ADN possa ser extraído.